Organi rukovođenja Univerziteta Mediteran Podgorica su: Rektorat (Rektor, Prorektori, Generalni sekretar), Rektorski kolegijum (u užem i širem sastavu), Izvršni direktor i Stručne službe.

Najviši organ administrativnog i akademskog rukovođenja je rektor, čiju funkciju obnaša Prof.dr Savo Marković, doktor pravnih nauka.

U dijelu nadležnosti Rektoru pomažu dva prorektora, i to:

Rektorat čini i Generalni sekretar, čiju funkciju obavlja Marina Peruško.

Izvršni direktor Univerziteta je organ rukovođenja koji se stara o administraciji van akademskih okvira. Funkciju Izvršnog direktora vrši Marko Nikolić, dipl.ecc.

Stručne službe su organi administrativnog rukovođenja. U njih spadaju:

  • Studentske službe pojedinačnih fakultetskih jedinica
  • Pravna služba, objedinjenja na nivou Univerziteta
  • Služba za finansije i računovodstvo, objedinjena na nivou Univerziteta